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科学研究家破译软籽石榴“突尼斯”基因组登陆密码

2019-11-02 23:38:49 石榴树

 
 
科学研究家破译软籽石榴“突尼斯”基因组登陆密码  
 

科学研究研究家破译软籽石榴“突尼斯”基因组登录登陆密码

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突尼斯石榴

科学研究研究家破译软籽石榴“突尼斯”基因组登录登陆密码

基因组组装

吃石榴不吐籽,软籽石榴做换取!然而,与硬籽石榴相比,中国普遍栽培的软籽石榴“突尼斯”不抗冻的特点严重威胁和限制了产业链身心健康发展。

前不久,Plant Biotechnology Journal在线刊登了内地农业科学研究院郑州果树研究所研究员曹尚银课题组完成的软籽石榴“突尼斯”的高质量基因组图谱,为分析软籽和硬籽石榴品种分裂遗传机制提供了支撑,并为软籽石榴遗传改良研究明示了重要基本。

石榴(Punica granatum L.)是一历史久远的落叶灌木果树树种,栽培古老。论文通讯作者曹尚银告诉《内地科学研究报》,石榴被誉为“生命之果”,其果皮、果肉以及种子均含有丰厚的类黄酮、多酚、花青素等抗氧化物质,有利于预防高血脂、高血压、HIV、传染性疾病、冠心病、前列腺癌症等疾病。尤其是软籽石榴品种,籽粒硬度小,食用时易于咀嚼,防止了营养的外流;除此之外,软籽石榴市场卖价通常是普通品种的2~4倍,是广大果农脱贫致富的良果佳品。

论文第一作者骆翔博士详细介绍,该研究基于二代和三代测序得到了软籽石榴“突尼斯”高质量基因组序列,基因组大小为320.31 Mb,Contig N50为4.49 Mb,批注了33,594个基因。采用Hi-C光学技术融合遗传图谱将97.76%的序列组装到了8对染色体上。与现有的“泰山红”石榴基因组相比,“突尼斯”多组装出了46.01Mb序列,Contig N50的平均长度加强了46倍,在组装完整度及精确度上都换取了巨大地加强。

较为基因组学研究阐明,软籽“突尼斯”基因组和硬籽“泰山红”“大笨籽”基因组间存有着大批的SNP和InDel变异。对26个石榴品种发起群体遗传学剖析阐明,软籽石榴群体和硬籽石榴群体间存有着大批的受选择位点。尤其是Chr1上,存有着高达26.2Mb的受选择区段。基因批注信息阐明,与基因组变异及选择信号相关的基因潜在地影响着石榴硬籽和软籽特性分裂。

本研究换取了内地农业科学研究院科技革新工程以及國家科技基本性工作中专项重点项目的资助。

相关论文信息:https://doi.org/10.1111/pbi.13260

 

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